Da die Pflanzenschutzmittel-Statistikverordnung nur nationale Aussagen verlangt, wird die Bundesrepublik Deutschland als einzige Erhebungsregion betrachtet. Aus arbeitsorganisatorischen und aus Kostengründen wird darauf verzichtet, von vornherein weitergehende, auf kleinere Gebiete bezogene, repräsentative Aussagen anzustreben. Dennoch wird bei der Zusammenstellung der kulturspezifischen Panels auf eine angemessene räumliche Verteilung  geachtet.
Das JKI hat entsprechende Vorgaben zur Verteilung der Panel-Betriebe proportional zur Verteilung der Anbauflächen pro Kultur abgeleitet (im Acker- und Obstbau: Anzahl pro Bundesland; im Weinbau: Anzahl pro Weinanbaugebiet; im Hopfen: Konzentration auf die Region Hallertau).

Die Betriebsauswahl für die kulturspezifischen Panels erfolgt direkt durch die PAPA-Regionalverantwortlichen, die von den Vertragspartnern des JKI (Verbände der Landwirte) benannt werden, unter Berücksichtigung der im folgenden dargestellten Vorgaben:

• Haupterwerbsbetriebe (wenn möglich)
• repräsentativ für die Region, in der sie liegen
• Durchführung des Pflanzenschutzes nach den Grundsätzen der guten fachlichen Praxis im Pflanzenschutz
• lückenlose und zeitnahe Dokumentation der Anwendung von Pflanzenschutzmitteln
• Bereitschaft zur freiwilligen und anonymisierten Weitergabe von Daten über die Anwendung von Pflanzenschutzmitteln an das JKI
  
  Insgesamt wird pro Kultur (Ausnahme: Hopfen) ein Mindeststichprobenumfang von 100 Erhebungsbetrieben angestrebt. In der Kultur Hopfen soll der Stichprobenumfang mindestens 80 Betriebe umfassen.

Bei den PAPA-Erhebungen sind alle Daten schlagspezifisch bzw. für Bewirtschaftungseinheiten (BWE) zu erfassen. Unter einer Bewirtschaftungseinheit werden die Flächen eines Betriebes zusammengefasst, auf denen die gleiche Fruchtart angebaut wird, die vergleichbare Standortverhältnisse aufweisen und die einheitlich bewirtschaftet werden. Außerdem müssen auf diesen Flächen auch die gleichen Pflanzenschutzmittelanwendungen erfolgen.

Folgende Angaben werden zu jeder einzelnen Maßnahme gefordert:

• Datum der Anwendung
• Anwendungsgebiet / Indikation (fakultativ)
• vollständiger Name des Pflanzenschutzmittels
• Aufwandmenge Pflanzenschutzmittel
• Maßeinheit für Aufwandmenge
• Behandelte Fläche [ha]

Bei Tankmischungen sind die obigen Angaben für jeden einzelnen Tankmischungspartner erforderlich.
Zusätzlich werden analoge Angaben zur Saatgutbehandlung abgefragt.

Seit 2018 werden für die Ackerbaukulturen noch folgende zusätzliche, agronomisch relevante Informationen erhoben:

• Aussaatzeitpunkt (Datum)
• Grundbodenbearbeitung (gepflügt/pfluglos)
• Bodenwertzahl/Ackerzahl
• Sorte
• Vorfrucht

Erhebungszeitraum
Als Erhebungszeitraum dient die Zeit von Aussaat bis zur Ernte der jeweiligen Kultur, wobei aussaatvorbereitende PSM-Anwendungen ebenfalls einbezogen werden. Bei den Dauerkulturen (Tafelapfel, Wein und Hopfen) ist der Erhebungszeitraum das Kalenderjahr.

Datenerfassung

Die Dokumentation der Einzeldaten erfolgt immer durch den Landwirt und/oder die im Betrieb dafür verantwortliche(n) Person(en). Diese Daten werden anschließend durch die von den Vertragspartnern benannten Regionalbetreuer gesammelt und in anonymisierter Form an das JKI weitergeleitet.
Für die Datenerfassung werden derzeit alle Formen für die Dokumentation der durchgeführten Pflanzenschutzmaßnahmen akzeptiert („Papier“ + eine Vielzahl elektronischer Speicherformate), wenn sie alle gewünschten Angaben enthalten.

Datenspeicherung

Das Ziel der Speicherung der Daten in einer dynamischen ORACLE-Datenbank besteht darin, die Formate der jeweiligen Einzeldaten zu vereinheitlichen und damit die rechentechnischen Voraussetzungen für die Analyse der Daten herzustellen.
Im Vorfeld der Übertragung in die Datenbank werden verschiedene Plausibilitätstests in der ersten Digitalisierungsstufe als Access-Datei zur Verifizierung der erfassten Daten durchgeführt, um eventuelle Widersprüche, Fehler oder Mängel in den Daten zu erkennen. Die entsprechenden Entscheidungen bzgl. der Korrektur solcher „Auffälligkeiten" werden ausschließlich per Einzelfallprüfung getroffen.

Datenanalyse

Zur Beschreibung des quantitativen Umfangs der Anwendung von chemischen Pflanzenschutzmitteln werden die zwei Kennziffern Behandlungshäufigkeit und Behandlungsindex für die verschiedenen Kulturen berechnet.
Außerdem wird ein Ranking bzgl. der eingesetzten Wirkstoffe für die Wirkstoffbereiche Herbizide, Fungizide und Insektizide/Akarizide ermittelt.
Für die Durchführung der Verordnung (EG) Nr. 1185/2009 über Statistiken zu Pestiziden (Pflanzenschutzmittel-Statistikverordnung) und diese im Jahr ersetzende die Verordnung (EU) 2022/2379 über Statistiken zu landwirtschaftlichen Betriebsmitteln und zur landwirtschaftlichen Erzeugung im erfolgt zusätzlich pro Wirkstoff und pro Kultur eine auf Deutschland bezogene Hochrechnung zur Behandlungsfläche und zur ausgebrachten Wirkstoffmenge.
Die seit 2022 für die Speicherung und Verrechnung der einzelbetrieblichen, schlaggenauen Pflanzenschutzmittel-Anwendungsdaten genutzte ORACLE-Datenbank ist so konzipiert, dass alle darzustellenden Kennziffern automatisch oder semiautomatisch hocheffizient errechnet werden.